Computational insights into intergenic regions and overlapping genes among prokaryote genomes

dc.contributor
Universitat Rovira i Virgili. Departament de Bioquímica i Biotecnologia
dc.contributor.author
Pallejà Caro, Albert
dc.date.accessioned
2011-04-12T18:06:13Z
dc.date.available
2009-04-22
dc.date.issued
2009-02-25
dc.date.submitted
2009-03-19
dc.identifier.isbn
9788469221501
dc.identifier.uri
http://www.tdx.cat/TDX-0319109-124428
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/8669
dc.description.abstract
Computational Insights into Intergenic Regions and Overlapping Genes among Prokaryote Genomes<br/>Tot i la gran varietat d'estils de vida de les espècies bacterianes, tots ells presenten trets arquitectònics comuns. En aquesta tesi s'estudia les regions intergèniques i els solapaments entre gens en els genomes procariotes.<br/>Hem vist que per predir els orígens de replicació, a part de l'anàlisi de la composició de nucleòtids del DNA, es requereix experiments computacionals complementaris per aconseguir millors prediccions. Els solapaments entre gens acostumen a ser curts, respecten el codi genètic i es veuen influenciats per la pressió selectiva en contra de grans solapaments. En canvi, com més llarg és un solapament entre dos gens, més risc hi ha que una mutació pugui afectar a dues proteïnes de la cèl·lula al mateix temps. Hem detectat que els solapaments més llargs de 60 parells de bases són deguts a errors en la seqüenciació o en l'anotació dels gens. En quant a les regions intergèniques, hem vist que la presència d'una seqüència reguladora entre gens, com és la Shine-Dalgarno (responsable de iniciar eficientment la traducció de RNA missatger a proteïna) pot influir en la mida d'aquestes regions i afectar l'ús de codons d'aturada. Finalment, hem construït una aplicació web ( http://genomes.urv.cat/pwneigh/ ) que permet estudiar fàcilment la conservació els solapaments en les espècies i les regions intergèniques en els genomes procariotes.
cat
dc.description.abstract
Computational Insights into Intergenic Regions and Overlapping Genes among <br/>Prokaryote Genomes<br/>Although prokaryote organisms live in a huge variety of habitats, they have architectural features in common. In this thesis we analyze the intergenic regions and the overlaps between genes among the prokaryote genomes.<br/>Although the DNA compositional analysis brings us near to the origin of replication, alternative analyses are required in order to achieve better predictions. The overlaps between prokaryote genes tend to be short and they arise according to the structure of the genetic code. Furthermore, there is a selective pressure against the long ones. As longer is an overlap there is more risk of a deleterious mutation that can affect two proteins of the cell. We detected that the overlaps longer than 60 bps are due to sequencing or annotation errors. Regarding the intergenic regions we found that the presence of a regulatory signal such as the Shine-Dalgarno sequence (responsible of an efficient translation of the mRNA to protein) can influence the length of this regions and the stop codon usage of the previous genes. Finally, we developed the PairWise Neighbours database ( http://genomes.urv.cat/pwneigh/ ) which permits the study of the overlaps and its conservation across the species, as well as the SD presence within the intergenic regions.<br/>Albert Pallejà Caro<br/>Departament de Bioquímica i Biotecnologia<br/>Universitat Rovira i Virgili<br/>Campus Sescelades<br/>c/Marcel·lí Domingo, s/n<br/>43007 Tarragona - Catalunya
eng
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universitat Rovira i Virgili
dc.rights.license
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
errors d'anotació
dc.subject
sequència shine-Dalgarno
dc.subject
regions intergèniques
dc.subject
origen de replicació
dc.subject
gens solapats
dc.subject
Bacteriana
dc.subject
Genómica
dc.title
Computational insights into intergenic regions and overlapping genes among prokaryote genomes
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
57
cat
dc.subject.udc
573
cat
dc.subject.udc
577
cat
dc.subject.udc
6
cat
dc.contributor.authoremail
apalleja@gmail.com
dc.contributor.director
Romeu Figuerola,Antoni
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
cat
dc.identifier.dl
T-508-2009


Documents

thesis_APalleja.pdf

9.055Mb PDF

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)