Advanced inspection techniques for molecular simulations

dc.contributor
Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació
dc.contributor.author
Hermosilla Casajús, Pedro
dc.date.accessioned
2017-12-01T14:03:57Z
dc.date.available
2017-12-01T14:03:57Z
dc.date.issued
2017-07-13
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/457641
dc.description.abstract
Molecular dynamics simulations are computer simulations of the physical movements of atoms and molecules, and the interactions between them. In the particular cases we focus on (pharmaceutical drug design and enzymatic catalysis), molecular dynamics simulations predict the binding mode and binding affinity of a small molecule (the drug) with a biomolecule. Providing new tools and techniques to visualize and to interact with these simulations is crucial in understanding them. Throughout the development of this thesis, we have proposed new techniques to improve both the rendering quality and speed of different molecular representation models. Moreover, we developed a novel system to analyze docking simulations and the underlying interactions between the atom groups.
en_US
dc.description.abstract
La dinámica molecular es una técnica de simulación por ordenador la cual intenta reproducir el movimiento de átomos y moléculas, y su interacción. En el marco de esta tesis (diseño de fármacos y cinética enzimática), las simulaciones de dinámica molecular predicen el modo y afinidad del acoplamiento entre una pequeña molécula (el fármaco) con una biomolecula. Proporcionar nuevas herramientas y técnicas para visualizar e interactuar con estas simulaciones es crucial para llegar a entenderlas correctamente. A lo largo del desarrollo de esta tesis, hemos propuesto nuevas técnicas para mejorar tanto la calidad del pintado como la velocidad de diferentes modelos de representación comúnmente usados en la visualización molecular. Además, hemos desarrollado un nuevo sistema para analizar tanto las simulaciones de acoplamiento molecular, como las fuerzas de interacción entre grupos moleculares que dirigen el proceso de acoplamiento.
en_US
dc.format.extent
160 p.
en_US
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
en_US
dc.publisher
Universitat Politècnica de Catalunya
dc.rights.license
L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.rights.uri
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
*
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject.other
Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica
en_US
dc.title
Advanced inspection techniques for molecular simulations
en_US
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
004
en_US
dc.contributor.director
Vinacua, Àlvar
dc.contributor.director
Vázquez, P. P. (Pere Pau)
dc.embargo.terms
cap
en_US
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess


Documentos

TPHC1de1.pdf

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