Ecophysiology and philogeny of Faecalibacterium prausnitzii in healthy and diseased gut. Application in Inflamatory Bowel Disease diagnostics

Abstract

In this PhD thesis Faecalibacterium prausnitzii populations of patients with gut disease and healthy individuals have been characterized. First, isolates from healthy volunteers have been phenotypically characterised, which has allowed to gain insight into the physiology of this species. A possible link between F. prausnitzii sensitivity to changes in gut physicochemical conditions and its disappearance in a diseased gut has been revealed. Second, molecular studies on F. prausnitzii populations have allowed to define two phylogroups within this species, and to describe the diversity of phylotypes in healthy individuals and in patients with intestinal disease. The phylotypes specifically compromised in patients suffering some gut disorders have been identified. Finally, new molecular tools for the detection and quantification of this species and its phylogroups have been designed. Their usefulness to be implemented as complementary molecular tools for the diagnosis and prognosis of intestinal diseases has been determined.

En aquesta tesi doctoral s'ha estudiat la població de Faecalibacterium prausnitzii de pacients amb malalties intestinals i individus sans. En primer lloc, es va realitzar una caracterització fenotípica d'aíllats d'aqueta espècie obtinguts d'individus sans, el que ha permès adquirir coneixement sobre la fisiologia d'aquesta espècie. S'ha evidenciat una possible relació entre la sensibilitat de F.prausnitzii a canvis en les condicions fisicoquímiques de l'intestí i la seva desaparició en un intestí malalt. En segon lloc, s'han realitzat estudis moleculars de les poblacions de F. prausnitzii. Això ha permès definir dos filogrups dins d'aquesta espècie, i descriure la diversitat de filotips en individus sans i pacients amb malalties intestinals.Per primera vegada, s'han identificat els filotips especificament compromesos en pacients que pateixen determinades malalties intestinals. Per últim, s’han dissenyat eines moleculars per a la detecció i quantificació d'aquesta espècie i els seus filogrups. S’ha determinat la utilitat d’aquestes eines moleculars per al suport al diagnòstic o prognòstic de malalties intestinals.