Computational modeling of charge transfer in nucleobase-aromatic amino acid complexes

Autor/a

Butchosa Robles, Cristina

Director/a

Simon i Rabasseda, Sílvia

Voityuk, Alexander A.

Data de defensa

2012-06-22

Dipòsit Legal

Gi. 1175-2012

Pàgines

164 p.



Departament/Institut

Universitat de Girona. Departament de Química

Resum

The present thesis models nucleobase-amino acid charge transfer reactions, which can serve as base for future computational investigations of charge transfer processes in DNA-protein systems. Guanine and adenine charge transfer reactions with aromatic amino acids (histidine, phenylalanine, tryptophan, and tyrosine) have been studied. Both pi-stacked and T-shaped nucleobase-aromatic amino acid interactions have been found to produce fast charge transfer rates. Most of the aromatic amino acids are able to extract charges from DNA. Special attention has been paid to tryptophan because its redox properties. Tryptophan is the best aromatic amino acid to extract cationic charges from guanine and adenine.The studied interactions have been shown to be extremely sensitive to conformational fluctuations.


Aquesta tesis doctoral modelitza reaccions de transferència de càrrega en sistemes compostos per una nucleobase i un aminoàcid. Un millor coneixement d’aquestes interaccions pot servir com a base per futures investigacions de processos de transferència de càrrega en sistemes ADN-proteïna. S’han estudiat les reaccions de transferència de càrrega de la guanina o adenina amb aminoàcids aromàtics (histidina, fenilalanina, triptòfan i tirosina). Especialment, les interaccions amb el triptòfan, que gràcies a un potencial de ionització semblant al de la guanina pot estabilitzar millor que els altres aminoàcids un estat radical catió. S’han considerat tant interaccions dels sistemes pi com conformacions en forma T del les parelles nucleobase-aminoàcid, obtenint velocitats de reacció ràpides. La majoria d’aminoàcids aromàtics són capaços d’extreure càrregues de l’ADN. Les interaccions estudiades s’han mostrat molt sensibles a fluctuacions conformacionals.

Paraules clau

Nucleobase; Amino acids; Aminoàcids; Aminoácidos; Charge transfer reactions; Reaccions de transferència de càrrega; Reacciones de transferencia de carga; Computational modeling; Modelatge computacional; Modelado computacional

Matèries

547 - Química orgànica

Documents

tcbr.pdf

7.132Mb

 

Drets

L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/es/
L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/es/

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)