Selection and linkage desequilibrium tests under complex demographies and ascertainment bias

Author

Ramírez i Soriano, Anna

Director

Calafell i Majó, Francesc

Date of defense

2008-11-19

ISBN

9788469248409

Legal Deposit

B.32324-2009



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

L'estudi de la variació genòmica ens pot ajudar a entendre la història demogràfica de les poblacions i els events de selecció que hi han influït. Normalment això es fa mitjançant els tests de neutralitat, una eina estadística que permet detectar desviacions de la neutralitat mitjançant la comparació dels resultats empírics obtinguts per un estadístic a partir d'una mostra d'ADN, contra una distribució neutra simulada d'aquest estadístic. Tot i això, aquesta metodologia té algunes limitacions, principalment relacionades amb (a) la variació a partir de la que treballa el test, (b)la metodologia d'ús dels estadístics de neutralitat, i (c) la tecnología emprada per obtenir informació de les seqüències d'ADN. En els quatre articles presentats en aquesta tesis he abordat tots aquests problemes. Respecte a la primera limitació he analitzat l'efecte que les desviacions de la neutralitat, com ara la recombinació i la demografia, tenen sobre el poder dels estadístics de neutralitat. Pel que fa a la metodologia, he estudiat si la incertesa en la reconstrucció de les dades de resequenciació té algun efecte en el poder dels tests quan aquests es comparen contra dades simulades. Finalment, els dos darrers treballs aborden els problemes que sorgeixen quan s'utilitzen genotips en lloc de dades de resequenciació, i proposen alternatives per a l'anàlisi d'aquestes dades.


The study of the genomic variation can give us insights into the demographic history of the populations and of the selective events acting upon them. This is usually approached by means of the neutrality tests, a statistical tool that can detect departures from neutrality by comparing the empirical results for a given statistic obtained from DNA samples against neutral, simulated distribution of this statistic. However, this methodology has some limitations, mainly related to (a) the variation the tests rely upon, (b) the methodology of the use of neutrality tests, and (c) the technology used to obtain information from DNA sequences. In the four papers included in this thesis I approach all these issues. For the first of the mentioned concerns, I have analysed how the power of neutrality statistics is affected by departures of neutrality such as recombination or demographic events. As for the methodology, I have estudied whether uncertainity in the reconstruction of resequencing data has any effect on the power of the tests when it is compared with simulation data. Finally, the last two works address the problems of using genotyping instead of resequencing data and propose alternatives to the analysis of such data.

Keywords

resequencing; neutrality test; neutral theory of evolution; linkage desequilibrium; haplotype; coalescent theory; ascertainment bias; test de neutralitat; teoria neutral de l'evolució; teoria de la coalescència; SNP; resequenciació; haplotip; desequilibri de lligament; biaix d'ascertainment

Subjects

314 - Demography. Population studies; 575 - General genetics. General cytogenetics

Documents

tars.pdf

3.467Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)