Micro RNA-Mediated regulation of the full-length and truncated isoforms of human neurotrophic tyrosine kinase receptor type 3 (NTRK 3)

Author

Guidi, Mònica

Director

Espinosa Parrilla, Yolanda

Estivill, Xavier ORCID

Date of defense

2009-01-13

ISBN

9788469216972

Legal Deposit

B.8847-2009



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Neurotrophins and their receptors are key molecules in the development of the<br/>nervous system. Neurotrophin-3 binds preferentially to its high-affinity receptor<br/>NTRK3, which exists in two major isoforms in humans, the full-length kinaseactive<br/>form (150 kDa) and a truncated non-catalytic form (50 kDa). The two<br/>variants show different 3'UTR regions, indicating that they might be differentially<br/>regulated at the post-transcriptional level. In this work we explore how<br/>microRNAs take part in the regulation of full-length and truncated NTRK3,<br/>demonstrating that the two isoforms are targeted by different sets of microRNAs.<br/>We analyze the physiological consequences of the overexpression of some of the<br/>regulating microRNAs in human neuroblastoma cells. Finally, we provide<br/>preliminary evidence for a possible involvement of miR-124 - a microRNA with no<br/>putative target site in either NTRK3 isoform - in the control of the alternative<br/>spicing of NTRK3 through the downregulation of the splicing repressor PTBP1.


Las neurotrofinas y sus receptores constituyen una familia de factores cruciales<br/>para el desarrollo del sistema nervioso. La neurotrofina 3 ejerce su función<br/>principalmente a través de una unión de gran afinidad al receptor NTRK3, del cual<br/>se conocen dos isoformas principales, una larga de 150KDa con actividad de tipo<br/>tirosina kinasa y una truncada de 50KDa sin dicha actividad. Estas dos isoformas<br/>no comparten la misma región 3'UTR, lo que sugiere la existencia de una<br/>regulación postranscripcional diferente. En el presente trabajo se ha explorado<br/>como los microRNAs intervienen en la regulación de NTRK3, demostrando que las<br/>dos isoformas son reguladas por diferentes miRNAs. Se han analizado las<br/>consecuencias fisiológicas de la sobrexpresión de dichos microRNAs utilizando<br/>células de neuroblastoma. Finalmente, se ha estudiado la posible implicación del<br/>microRNA miR-124 en el control del splicing alternativo de NTRK3 a través de la<br/>regulación de represor de splicing PTBP1.

Keywords

RISC complex; retinoic acid; renilla luciferase; real-time quantitative PCR; PTBP1; pri-miRNA; pre-miRNA; post-transcriptional regulation; piRNA; PicTar; pGL4.13; PCR; P-body; p75NTR; overexpression; NTRK3; NTRK2; NTRK1; non-coding RNAs; NGF; neurotrophin; neurotrophic signaling; neuronal differentiation; neurodevelopment; neuroblastoma; nervous system; mRNA; miRNA target prediction; miRNA profiling; miRNA mimic; miRNA microarray; miRNA inhibitor; miRanda; microRNA; microarray; luciferase assay; Ingenuity Pathway Analysis (IPA); heLa cells; gene silencing; gene regulation; full-length isoform (FL-NTRK3); firefly luciferase; ERK; disease; dicer; cancer development; BDNF; argonaute; alternative splicing; 3'UTR; RNAhybrid; RT-PCR; SH-SY5Y cells; siRNA; standard error; synaptic plasticity; target validation; TargetScan; transfection; translational repression; TrkA; TrkB; TrkC; truncated isoform (TR-NTRK3); tyrosine kinase (TK); western blot

Subjects

577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics

Documents

tmg.pdf.pdf

24.39Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)