A Comprehensive multiomics approach towards understanding obsessive-compulsive disorder

dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.contributor.author
Domènech Salgado, Laura
dc.date.accessioned
2019-02-18T17:00:02Z
dc.date.available
2020-12-20T00:00:54Z
dc.date.issued
2018-12-20
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/665800
dc.description.abstract
To date, very little progress has been made towards elucidating the genetic causes of obsessive-compulsive disorder (OCD). In this project we have performed rare variant association study (RVAS) transcriptomics and metagenomics analyses to focus on areas relatively underexplored in OCD. We have identified and replicated an enrichment of rare variants in TMEM63A, a gene that encodes for a calcium-permeable cation channel, through whole-exome sequencing, RVAS and targeted resequencing analyses. Moreover, we have observed an overrepresentation of genes enriched in rare variants in OCD cases related to calcium signalling. Transcriptomic studies have identified differential expression of genes involved in neuronal development and function in OCD patients. Integration of our RVAS and transcriptomic results also uncover a possible role of semaphorins and axon guidance in OCD. Finally, metagenomics studies have confirmed the previously reported increase of the Rikenellaceae bacterial family in the gut microbiome and have shown a significant higher Actinobacteria/Fusobacteria ratio in the oro-pharyngeal microbiome of OCD cases. Our results actively encourage further research in these areas.
dc.description.abstract
Fins a dia d’avui, s’ha avançat molt poc a l’hora d’elucidar les causes genètiques del trastorn obsessiu compulsiu (TOC). En aquest projecte hem realitzat estudis d’associació de variants rares (RVAS) i anàlisis de transcriptòmica i metagenòmica per centrar-nos en àrees relativament poc explorades del TOC. Hem identificat i replicat un enriquiment de variants rares a TMEM63A, un gen que codifica un canal catiònic permeable per calci, a través d’anàlisis de seqüenciació de l’exoma complet, RVAS i reseqüenciació dirigida. A més, hem observat una sobrerepresentació de gens enriquits en variants rares en casos de TOC relacionats amb la senyalització de calci. Els estudis de transcriptòmica han identificat una expressió diferencial de gens involucrats en el desenvolupament i la funció neuronal en els pacients de TOC. La integració dels resultats dels nostres estudis de RVAS i transcriptòmica també revelen un possible paper de les semaforines i del guiatge axonal al TOC. Finalment, els estudis de metagenòmica han confirmat el increment prèviament reportat de la família bacterial Rikenellaceae en el microbioma intestinal i han mostrat una relació significativa més alta d’Actinobacteris/Fusobacteris en el microbioma de l’orofaringe dels pacients de TOC. Els nostres resultats fomenten activament la recerca en aquestes àrees.
dc.format.extent
214 p.
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.uri
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
*
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
OCD
dc.subject
Genomics
dc.subject
Transcriptomics
dc.subject
Metagenomics
dc.subject
TOC
dc.subject
Genòmica
dc.subject
Transcriptòmica
dc.subject
Metagenòmica
dc.title
A Comprehensive multiomics approach towards understanding obsessive-compulsive disorder
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
575
dc.contributor.authoremail
laura.domenech89@gmail.com
dc.contributor.director
Estivill, Xavier
dc.contributor.director
Martí Puig, Eulàlia
dc.contributor.director
Rabionet Janssen, Raquel
dc.embargo.terms
cap
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina


Documents

tlds.pdf

6.517Mb PDF

This item appears in the following Collection(s)