Universitat Pompeu Fabra
Martí Puig, Eulàlia
Estivill, Xavier 
2011-09-26
B. 41982-2011
270 p.
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants (isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition, we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a still unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAs and isomiRs in human brain development and aging and in Huntington disease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervous system physiological and pathological conditions. Overall, our results have uncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequences in mRNA mediated gene expression regulation underlying different biological functions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNA sequences with a putative regulation role in selective biological processes
En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas. También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrollo y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington. Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de secuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación de la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último, SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAs con una posible función en determinados procesos biológicos.
Non-coding RNA; Small RNA; MiRNA; IsomiR; Next generation sequencing; Bioinformatics tool; ARN no codificante; ARN de pequeño tamaño; Secuenciación de alto rendimiento; Herramienta bioinformática
577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
