Universitat Pompeu Fabra
Guigó Serra, Roderic
2016-11-28
112 p.
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
Mice are the premier model organisms to study human biology and disease, but there is still debate about the extent to which molecular mechanisms are conserved between human and mouse. With the advance of next-generation sequencing technologies, comparative transcriptomics can be carried out at unprecedented resolution. In this thesis we confirm findings that human and mouse transcriptomes are globally conserved and we identify and characterize the properties of a core set of genes with constrained expression between the two species. Additionally, we show that clustering of gene expression across humans, mice and other vertebrates across multiple tissues depends on which genes and samples are included. Finally, we analyze gene expression of primary cells in human to understand how functional units of organs contribute to the expression of an organ as a whole. Indeed, profiling entire organs constitutes one of the main limitations of current comparative studies.
Los ratones son los principales organismos modelos para estudiar la biología y las enfermedades humanas, pero aún está en debate el nivel de conservación molecular entre humanos y ratones. Con el progreso de las tecnologías de secuenciación masiva, la transcriptómica comparativa ha llegado a una resolución sin precedentes. En esta tesis confirmamos que los transcriptomas de humano y ratón están globalmente conservados y identificamos y caracterizamos las propiedades de un conjunto de genes con expresión parecida entre las dos especies. Además, demostramos que diferentes tejidos de humanos, ratones y otros vertebrados se agrupan en base a su expresión génica segón los genes y las muestras incluidas en el análisis. Finalmente, analizamos la expresión génica de líneas celulares primarias humanas para investigar cómo las unidades funcionales de los órganos afectan la expresión de todo un órgano entero. De hecho, los estudios comparativos actuales tienen como limitación que se basan en datos de órganos enteros.
Transcription; RNA-seq; Gene expression; Mouse; Human primary cells; Expressión génica; Transcriptómica comparativa; Ratón; Clustering; Lineas celulares
575 - General genetics. General cytogenetics
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
