Regulation of NUMB alternative splicing by RBM10 and control of cancer cell proliferation

Abstract

Alternative pre-mRNA splicing of the Notch regulator NUMB exon 9 switches between isoforms that promote (exon inclusion) or prevent (exon skipping) cell proliferation. We have studied NUMB alternative splicing regulation by RBM10, an RNA binding protein frequently utated in lung adenocarcinomas. The study of cancer-associated BM10 variants revealed domains and residues important for RBM10 function. Structure-function analysis identified residues in RRM2 that, without compromising RNA binding, fail to regulate NUMB exon 9. Immunoprecipitation and mass spectrometry analyses revealed interactors that include U2 snRNP and PRP19 spliceosomal components, allowing us to propose a mechanism for 3' splice site repression by RBM10.

L’empalmament alternatiu del pre-mARN de NUMB, un regulador de Notch, varia entre dos isoformes que promouen (inclusió de l’exó 9) o prevenen (salt de l’exó 9) la proliferació cel•lular. Hem estudiat la regulació de l’empalmament alternatiu de NUMB controlada per RBM10, una proteïna d’unió al ARN freqüentment mutada en càncer de pulmó. L’estudi de variants d’RBM10 associades a càncer revela dominis i residus importants per a la funció de RBM10. Mitjançant anàlisis estructurals i funcionals hem identificat residus al RRM2 que, quan mutats, no comprometen la unió al ARN però són incapaços d’alterar la regulació de l’exó 9 de NUMB. Anàlisis de co-immunoprecipitació i espectrometria de masses assenyalen interactors que inclouen U2 snRNP i PRP19 que ens permeten proposar un mecanisme de repressió del lloc d’empalmament al 3’ reprimit per RBM10.