Functional genomics of the periderm: the biosynthetic gene FHT, the transcriptional regulator StRiK and the transcriptome deciphering

Author

Boher Genís, Pau

Director

Molinas de Ferrer, Maria Lluïsa

Figueras i Vall-llosera, Mercè

Serra i Figueras, Olga

Date of defense

2017-02-06

Pages

233 p.



Department/Institute

Universitat de Girona. Departament de Biologia

Abstract

We have developed new molecular tools to characterize the FHT and StRIK genes in the tuber periderm. Regarding FHT gene, our results demonstrated that is induced very specifically in suberizing tissues what makes FHT a good marker of the suberization process. Regarding StRIK gene, it has been shown to be a good candidate for the periderm regulation since its silencing causes changes in genes expression related to the transposition of DNA, RNA processing and stress. Finally, by RNA-seq we have identified a wide range of new candidate genes for the formation of the cork oak periderm. Among these genes several are related to the formation of the cell wall, cell primary metabolism and suberin accumulation. Other relevant genes are those involved in the regulation of meristem such as auxin transporters and the ethylene metabolism and signaling. The expression patterns of some genes have been studied during the cork growing season.


Hem desenvolupat noves eines moleculars per a la caracterització dels gens FHT i StRIK en el peridermis del tubercle. Els nostres resultats mostren que FHT s’indueix de forma molt específica en teixits suberificats el que el fa un bon marcador del procés de suberificació. En relació al gen StRIK, hem vist que es un bon candidat a la regulació de la peridermis ja que el seu silenciament provoca canvis d’expressió en gens relacionats amb la transposició de l’ADN, el processament de l’RNA i l’estrès. Mitjançant RNA-seq hem identificat nous gens candidats per la formació de la peridermis en l’alzina surera, entre ells destaquen gens relacionats amb la formació de la paret cel·lular, el metabolisme primari i l’acumulació de suberina. També destaquen gens relacionats amb la regulació del meristema com ara els transportadors d’auxines i el metabolisme i senyalització per etilè. L’expressió d’alguns gens s’ha analitzat durant la formació del suro.

Keywords

Alzina surera; Cork oak; Alcornoque; Quercus suber; Transcriptome; Transcriptoma; Periderm; Peridermis; Suberin; Suberina; Phellem

Subjects

58 - Botany

Documents

tpbg1de1.pdf

3.743Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)