Understanding ligand-receptor recognition by means of high-throughput molecular dynamics : a perspective for drug discovery

Author

Ferruz Capapey, Noelia

Director

De Fabritiis, Gianni

Sanz, Ferran

Date of defense

2016-03-04

Pages

174 p.



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Understanding how receptor-ligand interactions occur is a first step towards designing new drugs. The complete reconstruction of the binding process in a drug-receptor system provides all the physical-chemistry variables for rational design of inhibitors of a chosen target, an important step in drug discovery. Although very powerful, direct experimental observation of full binding processes is very hard to perform. In this thesis, by using high-throughput molecular dynamics in the distributed computing project GPUGRID.net and analysing the resulting data by Markov state models (MSM), we successfully estimated kinetics, thermodynamics and binding modes for different molecular systems. In the initial works, we focused on estimating the potency of inhibitor-protein complexes. In subsequent studies, we described more complex pictures of binding, taking into account the receptor dynamics or other binding molecules. The results are promising and establish the methodology as a very powerful tool in the first stages of the drug discovery pipeline.


Comprender las interacciones entre proteína y ligando es el primer paso para diseñar nuevos medicamentos. Llegar a reconstruir completamente este proceso de unión proporciona todas las variables físico-químicas para una optimización racional, un paso muy importante en el descubrimiento de fármacos. Pese a que esto ofrece muchas ventajas, todavía es complicado observar estos procesos experimentalmente. En esta tesis, utilizando simulaciones moleculares de alto rendimiento (HTMD) mediante el proyecto distribuido GPUGRID.net y análisis por Markov state models (MSM), hemos obtenido datos cinéticos, termodinámicos y modos de unión para varios sistemas. En los primeros trabajos nos centramos en estimar la afinidad entre complejos inhibidor-proteína. En trabajos posteriores, logramos caracterizar completamente rutas de unión del ligando teniendo en cuenta los confórmeros de la proteína u otros ligandos presentes. Los resultados son prometedores y establecen la utilidad de HTMD en las primeras fases de descubrimiento de fármacos

Keywords

Molecular dynamics; High-throughput; Drug discovery; Ligand binding; Markov state models; Dinàmica molecular; Medicaments-Descobriment; Lligands (Bioquímica)

Subjects

577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics

Documents

tnfc.pdf

2.271Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)