dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.contributor.author
Garcia i Garcerà, Marc
dc.date.accessioned
2013-07-23T14:37:21Z
dc.date.available
2013-07-23T14:37:21Z
dc.date.issued
2013-06-21
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/119618
dc.description.abstract
The study of skin microbiota has always been focused from a clinical point of view.
However, an ecological approach to the skin microbiota is impeded by different
methodological limitations, including the high host/microbial DNA ratio or the low
microbial content. In contrast with the burgeoning field of gut metagenomics, skin
metagenomics has been hindered by the absence of an efficient methodology to
work with skin microbial DNA. This thesis aims to settle the basis for further human skin
microbiome studies from a systems approach. I have set four different important
approaches for a ecological and systematic view of skin: 1) I have tested and
compared a method to construct NGS libraries from trace amounts of DNA, allowing to
work with very rare samples, and performing multiple functional experiments on the
same sample; 2) I have defined a method to isolate the microbial DNA from a skin
sample, to perform actual metagenomic studies. We have proved the utility of the
method by constructing 2 metagenomic libraries from mouse skin biopsies; 3) I have
tested the relationship between microbial diversity and unrelated phenotypes in mouse
skin samples; 4) I have analyzed the host phenotypical spectra, characterized what it is
metabolic health, and assessed the relationship between health and microbiota.
eng
dc.description.abstract
L’estudi de la microbiota de la pell ha estat sempre enfocat cap a un punt de vista
clínic. No obstant, una aproximació ecològica a la microbiota cutània és
impossibilitada per multiples limitacions metodològiques, que inclouen la baixa ràtio de
DNA hospedador/DNA comensal o la baixa quantitat absoluta de DNA microbià. En
contrast al pròsper camp de la metagenòmica intestinal, la metagenòmica cutània ha
estat obstaculitzada metodològicament, i per això, aquesta tesi intenta sentar les
bases per al futur de l’estudi del microbioma cutàni i la aplicació d’una aproximació
de sistemes. He aplicat quatre aproximacions importants per a la observació
sistemàtica i ecològica de la pell: 1) He testat i comparat un mètode per construir
llibreries de NGS a partir de traces de DNA, permetent treballar amb mostres de difícil
obtenció i aplicar-hi multiples experiments funcionals a la mateixa mostra, sense haver
d’usar tot el material en la seqüenciació; 2) He definit un mètode per a aïllar el DNA
microbià d’una mostra de pell completa per tal de dur a terme una anàlisi
metagenòmica de la mostra. Hem demostrat la seva utilitat construint dues llibreries
independents a partir de pell de ratolí; 3) He analitzat la relació entre la diversitat
microbiana i un fenotip aïllat de l’hospedador; 4) He analitzat l’espectre fenotípic de
l’hoste des d’un punt de vista sistèmic, he caracteritzat l’estat de salut metabòlica i la
seua relació amb la microbiota.
cat
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/es/
dc.rights.uri
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/es/
*
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Deep sequencing
dc.subject
Ultraseqüenciació
dc.title
Methodological preparation and characteritzation of the microbial ecology on the skin
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.contributor.authoremail
marc.garcia@upf.edu
dc.contributor.director
Calafell i Majó, Francesc
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.identifier.dl
B. 20125-2013
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina