2024-03-28T10:31:42Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/3840002024-03-15T10:57:23Zcom_10803_236col_10803_690278
Context dependent selection in molecular evolution
Povolotskaya, Inna
Kondrashov, Fyodor A.
Protein evolution
Selection
Epistasis
Fitness landscape
Evolución de las proteínas
Selección
Paisaje de fitness
Evolució molecular
Evolució de les proteïnes
Selecció
Se ha predicho teóreticamente que la epistasis, es decir, las interacciones genéticas entre diferentes mutaciones, cumple un rol sustancial en procesos evolutivos, tales como la emergencia de la reproducción sexual, la recombinación, la especiación y la evolución adaptativa. Sin embargo, existe poca evidencia experimental o estadística de la ubicuidad de las interacciones epistáticas en la naturaleza. Aquí, estudiamos la evolución de las proteínas a largo plazo, y demostramos que el modelo constante de selección independiente, no es capaz de describir las tasas y patrones de divergencia encontrados en las proteínas: las proteínas divergen mas allá de los límites teóricos y la tasa de divergencia es mucho mas lenta que la esperada. A su vez, demostramos que la evolución de las proteínas se explica mejor bajo la suposición de un intercambio rápido entre los valores de eficacia biológica asociados con aminoácidos individuales. Mas aún, extendemos nuestro estudio computacional y construimos un modelo teórico que captura el efecto de la selección inconstante sobre la evolución molecular.
Epistasis, or genetic interactions between different mutations, is theoretically predicted to play a substantial role in such evolutionary processes as emergence of sexual reproduction and recombination, speciation, adaptive evolution. However, there is little experimental or statistical evidence of the ubiquity of epistatic interactions in nature. Here, we study long-term protein evolution and show that the constant independent selection model cannot describe rates and patterns of protein divergence: protein sequences diverge beyond theoretical limits and the rate of divergence is much slower than predicted. We show that protein evolution is best explained under the assumption of rapid turnover of fitness values associated with individual amino acids. We further extend this computational study and build a theoretical model to capture the effect of non-constant selection on molecular evolution.
2016-05-25T10:49:18Z
2016-05-25T10:49:18Z
2016-05-25T10:49:18Z
2015-02-16
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://hdl.handle.net/10803/384000
eng
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
info:eu-repo/semantics/openAccess
Universitat Pompeu Fabra
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)