2024-03-29T00:55:16Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/6686492024-03-15T10:57:18Zcom_10803_236col_10803_690278
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
author
Lorenzo Gotor, Nieves
authoremail
nievesl.aq@gmail.com
authoremailshow
true
director
Sánchez de Groot, Natalia
director
Tartaglia, Gian Gaetano
2020-02-14T16:52:00Z
2022-01-24T00:00:26Z
2020-01-24
http://hdl.handle.net/10803/668649
Biomolecular condensates act as indispensable membrane-less organelles for intracellular organization and regulation of biochemical reactions. Proteins and RNAs are known to phase separate into condensates, however the sequence domains that encode this process remain unclear. By means of computational tools and predictions, I systematically analysed the sequences of the human and yeast proteomes for phase separation ability. Furthermore, I experimentally evaluated the sequence domains of the yeast protein Pub1. My findings report that RNA-binding domains (RBDs) and prion-like domains (PrLDs) play different roles in the phase separation process. While one PrLD can lead the assembly, a combination of RBDs modulate the dynamicity of the condensate. The high interacting capacity of the PrLD explains the ability to recruit molecules into condensates but it also compromises homeostasis. This work sheds light on the principles behind formation and regulation of membrane-less organelles.Els condensats biomoleculars actuen com a orgànuls sense membrana, organitzant el funcionament intern de la cèl·lula i regulant les reaccions bioquímiques que hi tenen lloc. Proteïnes i ARNs es separen en una fase diferent formant aquests condensats, però els dominis de les seves seqüències que propicien aquest procés encara no són clars. A través d’eines computacionals i de prediccions, he analitzat la habilitat de les seqüències del proteoma humà i de llevat de formar aquesta nova fase. A més, he avaluat experimentalment els dominis de la seqüència de Pub1, una proteïna de llevat. Els meus resultats indiquen que els dominis d’unió a ARN (RBDs) i els dominis similars a prions (PrLDs) tenen funcions diferents en el procés de separació de fases. Mentre que un PrLD pot liderar-ne la formació, diversos RBDs modulen les dinàmiques dintre del condensat. L’elevada capacitat d’interacció que tenen els PrLDs explica l’habilitat de reclutar molècules per formar condensats, però alhora compromet els equilibris i estabilitat cel·lulars (homeòstasi). La meva investigació revela informació sobre els principis que governen la formació i regulació d’orgànuls sense membrana.
eng
Prion-like
RNA-binding
Phase separation
Pub1
RNA-binding and prion domains : The Yin and Yang of phase separation
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/668649/1/tnlg.pdf
File
MD5
1543f74bd208900ea9ea1e92a7c65c67
70198751
application/pdf
tnlg.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/668649/3/tnlg.pdf.txt
File
MD5
e4a0f72b223de895c0b47fea966fb3e9
342760
text/plain
tnlg.pdf.txt