2024-03-29T08:58:03Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/24032017-09-01T03:13:54Zcom_10803_1col_10803_89
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
author
Forns Fradera, Núria
authoremail
nuforns@ub.edu
authoremailshow
true
director
Madrid Xufré, Cristina
2011-04-12T13:54:58Z
2007-01-15
2006-06-29
978846903707
http://www.tdx.cat/TDX-0115107-155038http://hdl.handle.net/10803/2403
B.7818-2007
En bacteris entèrics, les proteïnes de la família Hha/YmoA estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent factors ambientals. Ha estat descrit que la proteïna Hha d' <i>Escherichia coli</i> interacciona amb la proteïna H-NS formant un complex amb el DNA responsable de la termoregulació de l'expressió de l'operó <i>hly</i> d' <i>E. coli</i>. Altres proteïnes d'aquesta família, com YmoA i YdgT, també interaccionen amb la proteïna H-NS.<br/>La proteïna H-NS d' <i>E. coli</i> és una proteïna associada al nucleoide implicada en la regulació global de l'expressió gènica en funció de les condicions ambientals. H-NS es troba àmpliament distribuida entre bacteris Gram-negatius.<br/><br/>El primer objectiu va ser determinar si la participació conjunta de les proteïnes Hha i H-NS era extensible a altres gens regulats per H-NS. Escollirerm l'operó <i>bgl</i>, silenciat per la proteïna H-NS. Mitjançant mesures de l'activitat i de la trasncripció de l'operó vam concloure que les proteïnes Hha i YdgT intervenen en el silenciament de l'operó bgl d'<i>Escherichia coli</i>.<br/><br/>Es va analitzar la regulació de l'expressió gènica depenent de les proteïnes Hha i H-NS en diferents condicions d'osmolaritat per identificar les proteïnes diferencialment expressades. S'identificaren les proteïnes HdeA, l'expressió de la qual ja havia estat descrita com a regulada per H-NS; i HtrA, una proteasa sotmesa a osmoregulació. El complex Hha-H-NS és responsable de la repressió de l'expressió d'HtrA a baixa osmolaritat.<br/><br/>En la seqüència completa del plàsmid R27 s'han identificat dos gens (<i>orf182</i> i <i>orf164</i>) que codifiquen dues proteïnes homòlogues a Hha i H-NS, respectivament. Ja que la conjugació d'aquest plàsmid està sotmesa a termoregulació, i donat que les proteïnes Hha i H-NS estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent de paràmetres ambientals, es va voler determinar: <br/><br/>· A) el paper d'aquestes proteïnes, d'origen plasmídic i d'origen cromosòmic, en la regulació de la conjugació de R27,<br/><br/>· B) i la intervenció de les proteïnes de codificació plasmídica en la fisiologia de la cèl·lula portadora del plàsmid. <br/><br/>Es realitzaren estudis de la freqüència de conjugació del plàsmid, estudis de la transcripció dels gens de transferencia mitjançant microxips i RT-PCR, assaigs de retard en gel amb les proteïnes Hha i H-NS i observació de pilis per MET. Es va concloure que les proteïnes Hha i H-NS, tant de codificació plasmídica com cromosòmica, interven en la termoregulació de la conjugació del plàsmid, reprimint l'expressió dels gens de transferencia a elevada temperatura. En estudis de complementació s'observà que les proteïnes codificades als gens <i>orf182</i> i <i>orf164</i>, compensen alguns fenotips causats per les mutacions dels gens <i>hha</i> i <i>hns</i>. Es va demostrar també la interacció in vitro de la proteïna H-NS plasmídica (ORF164) amb la proteïna Hha cromosòmica.<br/><br/>Finalment, es va realitzar una anàlisi trancriptòmica de l'efecte de les mutacions <i>hns</i> i <i>hha ydgT</i> en el patró d'expressió gènica a Escherichia coli, per determinar quins gens estaven afectats en cada fons genètic i establir la relació entre la regulació per H-NS i per Hha/YdgT. La comparació dels patrons d'expressió entre la soca hns i la soca salvatge, han posat de manifest que un 7% dels gens d'<i>E. coli</i> presenten una alteració significativa de la seva expressió, i que un 68% dels casos corresponen a una sobreexpressió en la soca hns. L'analisi de l'expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca hns demostra que la regulació de la soca <i>hha ydgT</i> segueix majoritàriment el mateix patró d'expressió que la soca salvatge. Es van identificar 22 gens amb expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca salvatge, dels quals 18 presenten sobreexpressió en un fons genètic <i>hha ydgT</i>, i 12 coincideixen amb els gens regulats per H-NS.
<i>In enteric bacteria, the proteins of Hha/YmoA family play an important role in regulation of gene expression in response to environmental signals. On another part, the nucleoid-associated protein H-NS is a relevant example of a global modulator. H-NS binds to Hha, and other proteins of Hha/YmoA family, to regulate gene expression depending on environmental conditions.<br/>The first goal was to determine if Hha and H-NS participate together regulating genes known as regulated by H-NS, like "bgl" operon silenced by H-NS, or other new genes in different osmolarity conditions. We conclude that Hha play a role in silencing "bgl" operon expression in "E. Coli" and that Hha-H-NS complex is responsible for the HtrA repression at low osmolarity.<br/>R27 plasmid code two proteins homologous to Hha and H-NS, respectively. Since R27 conjugation is thermoregulated, and given the fact that Hha and H-NS regulate gene expression depending on environmental parameters, we investigated the role of these proteins, in thermoregulation of R27 conjugation. We conclude that Hha and H-NS, of plasmidic and chromosomic origin, downregulate plasmid conjugation at high temperature. As well, we studied the intervention of Hha and H-NS R27 encoded proteins in the physiology of R27 host cells. We observed that these proteins compensate some of the phenotypes caused by hha and hns mutations.<br/>Finally, a transcriptomic analysis of the effect of the mutations "hns" and "hha ydgT" in "E. coli"i was carried out to establish the relationship between H-NS and Hha/YdgT regulation. The result showed that 7% of genes were affected by "hns" mutation and that 68% of these cases corresponds to an overexpression in hns strain. The analysis of "hha ydgT" strain demonstrates that its regulation follows mostly the same pattern of expression than the wild type strain, because "hha ydgT" mutations only affected 22 genes. </I>
cat
Genòmica
Proteïnes
Bacteriologia
Operons
Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/1/00.NFF_PREVI.pdf
File
MD5
5cb09f064bb6f542aab68a898b7e386c
559803
application/pdf
00.NFF_PREVI.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/2/01.NFF_INTRODUCCIO.pdf
File
MD5
d7e74324b82e8988925622a05bbc8ef1
1735749
application/pdf
01.NFF_INTRODUCCIO.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/3/02.NFF_MATERIALS_I_METODES.pdf
File
MD5
af2d2d419cab7177f311de4673305645
616712
application/pdf
02.NFF_MATERIALS_I_METODES.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/4/03.NFF_RESULTATS.pdf
File
MD5
8c8feeaf660cd38cd2598754b715a938
6929872
application/pdf
03.NFF_RESULTATS.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/5/04.NFF_DISCUSSIO.pdf
File
MD5
b00258cd7cbc0c27901890bd2d99e981
397756
application/pdf
04.NFF_DISCUSSIO.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/6/05.NFF_CONCLUSIONS.pdf
File
MD5
e9624d17f8eb8d3ac4e59184975a32b3
320624
application/pdf
05.NFF_CONCLUSIONS.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/7/06.NFF_BIBLIOGRAFIA.pdf
File
MD5
4f9566912458b6ddf89959eb6a0b9b5e
581950
application/pdf
06.NFF_BIBLIOGRAFIA.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/8/07.NFF_ANNEX_1.pdf
File
MD5
ff1f7dc4de75460b96afe723d8e6ed27
6334410
application/pdf
07.NFF_ANNEX_1.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/9/08.NFF_ANNEX_2.pdf
File
MD5
446e244e66a39e42debae13506afd526
6108150
application/pdf
08.NFF_ANNEX_2.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/10/09.NFF_PUBLICACIONS.pdf
File
MD5
c953178791aa01ef7d6225b785a9a732
306437
application/pdf
09.NFF_PUBLICACIONS.pdf
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/11/09.NFF_PUBLICACIONS.pdf.txt
File
MD5
e50a32ab5fd1c164c1f15837b9d8e6b2
471
text/plain
09.NFF_PUBLICACIONS.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/12/08.NFF_ANNEX_2.pdf.txt
File
MD5
6c781e34e849dbc41f4164348d284674
128790
text/plain
08.NFF_ANNEX_2.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/13/07.NFF_ANNEX_1.pdf.txt
File
MD5
02c5f6063115f040448cadfff689808f
34504
text/plain
07.NFF_ANNEX_1.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/14/06.NFF_BIBLIOGRAFIA.pdf.txt
File
MD5
112d73c297e0ce9f043c4e93f4321e4f
136435
text/plain
06.NFF_BIBLIOGRAFIA.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/15/05.NFF_CONCLUSIONS.pdf.txt
File
MD5
7d893e128afa1dede6ebf4951c286d89
1999
text/plain
05.NFF_CONCLUSIONS.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/16/04.NFF_DISCUSSIO.pdf.txt
File
MD5
582bc732693f7e51ce0831b6b98bbad2
46256
text/plain
04.NFF_DISCUSSIO.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/17/03.NFF_RESULTATS.pdf.txt
File
MD5
4d95825b71a2a9549e49e3723857e8e5
183299
text/plain
03.NFF_RESULTATS.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/18/02.NFF_MATERIALS_I_METODES.pdf.txt
File
MD5
992d4444bd72dc50b09d4a7884c40698
118085
text/plain
02.NFF_MATERIALS_I_METODES.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/19/01.NFF_INTRODUCCIO.pdf.txt
File
MD5
4a922abdd97defc2cb49c5532e11a883
183899
text/plain
01.NFF_INTRODUCCIO.pdf.txt
URL
https://www.tdx.cat/bitstream/10803/2403/20/00.NFF_PREVI.pdf.txt
File
MD5
566fbce766ed0ca52487724b21dc8ed8
30749
text/plain
00.NFF_PREVI.pdf.txt