2024-03-28T21:22:07Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/71722024-03-15T10:57:33Zcom_10803_236col_10803_690278
nam a 5i 4500
ras proteins - computer simulation
molecules - models - computer simulation
molecular dynamics
dinàmica molecular
proteïnes ras - simulació per ordinador
molècules - models - simulació per ordenador
Development of a molecular simulator and its application to the study of biomolecular dynamics
[Barcelona] :
Universitat Pompeu Fabra,
2011
Accés lliure
http://hdl.handle.net/10803/7172
cr |||||||||||
AAMMDDs2011 sp ||||fsm||||0|| 0 eng|c
9788469273340
Johnston, Michael,
autor
Programa de doctorat en Biomedicina,
degree
Tesi
Doctorat
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
2009
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
Tesis i dissertacions electròniques
Villà i Freixa, Jordi,
supervisor acadèmic
TDX
Aquesta tesi tracta de la creació d'un nou programari de codi obert i d'una interfície de programació (API) per realitzar simulacions (bio) moleculars, així com de a la seva aplicació posterior a problemes biològics. El nou programa, Adun, es focalitza en les àrees clau del càlcul d'energies lliures, el desenvolupament ràpid de programari i la productivitat d'alt rendiment. Mètodes com SCAAS, EVB i Born generalitzat han estat implementats per tal d'assolir el primer objectiu. La presencia d'aquestes tècniques, a m´es d'altres, mostra la velocitat de desenvolupament d'Adun. Totes les característiques s´on accessibles mitjanant una interfície gràfica d'usuari avançada que proveeix de noves capacitats, com el tractament de dades integrat o la compartició de dades i de càlculs distribuïts. La capacitat d'Adun de tractar problemes biològics és il·lustrada amb la investigació de la dinàmica de la proteïna Ras i el desenvolupament, implementació i demostració d'un nou mètode per a la determinació de camins de transició. A més, per tal de demostrar el potencial del programa Adun, aquests estudis també proporcionen una visió avançada sobre l'ús de la informació dinàmica en determinar la unció de les proteïnes. L'estat actual del programa i els resultats dels dos estudis és, doncs, discutit, i es donen indicacions dels objectius i direccions futurs. Finalment s'examina el paper dels científics computacionals com desenvolupadors d'eines, per a ells mateixos o per a tota la comunitat científica.
f
ES-BaCBU
cat
rda
ES-BaCBU
text
txt
rdacontent
informàtic
c
rdamedia
recurs en línia
cr
rdacarrier