2024-03-29T06:26:19Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/6685502021-01-13T12:49:02Zcom_10803_480col_10803_387219
nam a 5i 4500
Bioinformática
Computación de altas prestaciones
Epistasis
Alineamiento de ADN/ARN
Clúster
GPU
Computación de altas prestaciones en genómica
[Castelló] :
Universitat Jaume I,
2020
Accés lliure
http://hdl.handle.net/10803/668550
cr |||||||||||
AAMMDDs2020 sp ||||fsm||||0|| 0 spa|c
Martínez Pérez, Héctor,
autor
Programa de Doctorat en Informàtica,
degree
1 recurs en línia (126 pàgines)
Tesi
Doctorat
Universitat Jaume I. Escola de Doctorat
2020
Universitat Jaume I. Escola de Doctorat
Tesis i dissertacions electròniques
Barrachina Mir, Sergio,
supervisor acadèmic
Castillo Catalán, María Isabel,
supervisor acadèmic
TDX
Esta tesis se centra en la aplicación de técnicas de computación de altas prestaciones a dos problemas bioinformáticos.
La primera parte del trabajo ha consistido en el desarrollo de un software eficiente para el alineamiento de secuencias
ADN/ARN sobre un genoma de referencia capaz de superar tanto la sensibilidad como la especificidad de los
alineadores actuales y de reducir el tiempo de procesamiento. Como resultado final de este apartado se ha
implementado un framework capaz de ejecutar cualquier alineador de ADN/ARN en un sistema clúster de forma
transparente para el usuario. La segunda parte del trabajo ha consistido en el desarrollo de una versión optimizada
del módulo de la aplicación FaST-LMM que se utiliza para estudiar la epistasis. También se ha implementado una
versión paralela para sistemas clúster dotados de aceleradores gráficos de tipo GPU que permite descargar sobre
ellos los cálculos matriciales más pesados.
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