2024-03-28T23:08:09Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/35922017-09-23T19:13:33Zcom_10803_120col_10803_127
nam a 5i 4500
Proteasa
Bioinformàtica
Agregació
Caracterització cinètica de la formació de fibres amiloides i cerca de funcions remotes de dominis d'activació de procarboxipeptidases humanes
[Barcelona] :
Universitat Autònoma de Barcelona,
2011
Accés lliure
http://hdl.handle.net/10803/3592
cr |||||||||||
AAMMDDs2011 sp ||||fsm||||0|| 0 cat|c
9788469198230
Cerdà Costa, Núria,
autor
Tesi
Doctorat
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular
2008
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular
Tesis i dissertacions electròniques
Avilés, Francesc X.
(Francesc Xavier)
supervisor acadèmic
Villegas Hernández, Sandra,
supervisor acadèmic
TDX
Els dominis d'activació són presents en la porció N-terminal de la forma inactiva de les procarboxipeptidases de la subfamília de proteases M14A, i les seves funcions descrites comprenen tant el manteniment d'aquest estat inactiu com l'assistència en el plegament de l'enzim complet. La limitada mida i la notable estabilitat derivada de la gran quantitat d'estructura secundària han fet que un d'aquests dominis, el de la procarboxipeptidasa A2 humana (ADA2h) hagi estat un bon model per a l'estudi del plegament proteic, en treballs anteriors, i de l'agregació en forma de fibres amiloides en la present tesi. Els estudis cinètics de dicroisme circular de la variant salvatge i una extensa bateria de mutants puntuals revelen la seqüència corresponent a la cadena beta-4 com la responsable de la direcció del procés d'agregació ordenada en conformació beta. Mutacions en aquesta zona tenen la capacitat tant d'accelerar dramàticament la velocitat d'agregació, com d'abolir-la totalment. Les correlacions amb algorismes predictius de l'agregació basats en les propietats físico-químiques de la seqüència polipeptídica posen de manifest la rellevància principal de l'estructura primària en el govern del procés. La cinètica d'agregació per dicroisme circular mostra una naturalesa dual, amb una segona etapa pràcticament independent de concentració proteica, indicant una etapa tardana de reorganització conformacional. Estudis cinètics complementaris per espectroscòpia d'infraroig mostren igualment una reorganització molecular i assenyalen que la conformació agregada en beta present a la fibra amiloide sembla originar-se primerament a partir de les hèlixs-alfa parcialment desplegades. L'estudi de mutants amb diferent propensió a l'agregació i estabilitat ha mostrat que les mutacions comporten canvis en la via d'agregació, però que finalment arriben al mateix punt de fibril·lació.<br/>Una possible funció alternativa per a un d'aquests dominis, els quals tenen una extraordinària complexitat en comparació amb altres seqüències inhibidores en cis, ha estat cercada mitjançant eines bioinformàtiques. Certa similitud seqüencial i estructural sembla ser trobada entre el domini d'activació de la procarboxipeptidasa A4 humana (ADA4h) i un domini d'unió a RNA (RRM), suggerint una possible funció ancestral per al primer, bé que no tots els residus claus per a la interacció són presents a ADA4h. La hipòtesi ha estat comprovada experimentalment mitjançant un gel de retardament, observant-se una unió a RNA dèbil i inespecífica per al RNA assajat, d'acord amb el que s'havia predit bioinformàticament. Aquest fet no exclou, emperò, una unió fisiològica i específica amb un altra molècula de RNA diferent a l'assajada.
a
ES-BaCBU
cat
rda
ES-BaCBU
text
txt
rdacontent
informàtic
c
rdamedia
recurs en línia
cr
rdacarrier