2024-03-29T06:10:30Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/2855372017-09-20T10:27:06Zcom_10803_120col_10803_130
nam a 5i 4500
Inversions
Inversiones
Genoma humà
Genoma humano
Human genome
Polimórfiques
Polimórficas
Polymorphic
Análisis, validación y estudio poblacional de las inversiones entre dos genomas humanos
[Barcelona] :
Universitat Autònoma de Barcelona,
2015
Accés lliure
http://hdl.handle.net/10803/285537
cr |||||||||||
AAMMDDs2015 sp ||||fsm||||0|| 0 spa|c
9788449050770
Vicente Salvador, David,
autor
1 recurs en línia (234 pàgines)
Tesi
Doctorat
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia
2014
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia
Tesis i dissertacions electròniques
Cáceres Aguilar, Mario,
supervisor acadèmic
TDX
Las inversiones fueron las primeras variantes estructurales detectadas y asociadas a efectos fenotípicos en varias especies. Sin embargo, la dificultad de su estudio las ha llevado a ser las peor caracterizadas en genomas complejos como el humano. En los últimos años, se ha predicho un elevado número de posibles inversiones polimórficas en humanos mediante técnicas a gran escala como el mapeo de extremos apareados de fósmidos o la secuenciación de genomas completos, pero pocas de estas predicciones han sido validadas o estudiadas en detalle. En este trabajo se han investigado las 90 inversiones que provienen de la comparación de dos genomas ensamblados de forma independiente: el genoma de Referencia HG18 y el de J. Craig Venter (HuRef). El análisis detallado de su secuencia ha demostrado que 31 (34.4%) son errores en la comparación de ambos genomas. A continuación se han analizado experimentalmente 46 de las 59 regiones candidatas restantes (51.1%) mediante PCR y PCR inversa en el ADN de HuRef y un panel de 9 individuos de HapMap de origen Africano, Asiático y Europeo. De éstas, 18 han resultado contener inversiones polimórficas reales y 30 son errores de ensamblaje en uno de los genomas (25 errores en HG18 y 5 en HuRef). Estos errores se han confirmado experimentalmente amplificando la región en los clones BAC del genoma de Referencia o en el ADN de HuRef, respectivamente. De esta manera se ha podido eliminar un gran número de predicciones falsas y se ha contribuido a definir un catálogo fiable de inversiones polimórficas en el genoma humano. Además, 17 de las inversiones validadas se han genotipado en 90 individuos de HapMap de origen Europeo y en dos especies de primates y 7 con puntos de rotura sencillos se han genotipado in silico en 1092 individuos de 14 poblaciones del proyecto de los 1000 Genomas, a través de la detección de secuencias que contienen los puntos de rotura. Los genotipos nos han permitido encontrar SNP marcador, establecer las frecuencias del alelo invertido en diferentes poblaciones y la orientación ancestral. Mediante el análisis de la variación nucleotídica y haplotípica se ha podido determinar también el origen único o recurrente de las inversiones en la población Europea, y se han encontrado tres inversiones que habrían ocurrido en haplotipos diferentes. El análisis de secuencia de los puntos de rotura nos ha permitido determinar su mecanismo de formación e identificar genes cuya expresión podría verse afectada. Como resultado, se ha visto que las inversiones forman dos grupos según las características de sus puntos de rotura: las inversiones con puntos de rotura no localizados en repeticiones invertidas (RIs) generalmente tienen un tamaño menor y están formadas por mecanismos no homólogos que determinan su origen único, mientras que las inversiones con puntos de rotura en RIs tienen un tamaño mayor y están formadas por mecanismos homólogos que determinan su posible origen recurrente. Por otra parte, las inversiones analizadas destacan por localizarse fuera de regiones codificantes, en regiones intergénicas o dentro de intrones, aunque algunas invierten parcial o completamente genes duplicados. Finalmente, se han clasificado las inversiones según su posible implicación adaptativa mediante el análisis de las diferencias de frecuencia en las poblaciones, el estado ancestral, el índice de estructuración de la población Fst, y los posibles efectos sobre genes determinados por la posición de los puntos de rotura. En general no se esperan efectos drásticos de sus puntos de rotura, aunque las inversiones HsInv0006 y HsInv0030 son candidatas a tener efectos sobre los genes DSTYK y CTRB2/CTRB1, respectivamente, y en el caso de la inversión HsInv0006 su distribución poblacional sugiere posibles efectos adaptativos.
a
ES-BaCBU
cat
rda
ES-BaCBU
text
txt
rdacontent
informàtic
c
rdamedia
recurs en línia
cr
rdacarrier