2024-03-28T17:59:28Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/10222017-08-29T21:51:08Zcom_10803_1col_10803_15
nam a 5i 4500
Caracterització i millora de models estructurals de baixa resolució
[Barcelona] :
Universitat de Barcelona,
2011
Accés lliure
http://hdl.handle.net/10803/1022
cr |||||||||||
AAMMDDs2011 sp ||||fsm||||0|| 0 cat|c
9788469229385
Piedra Garcia, David,
autor
Tesi
Doctorat
Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular (Biologia)
2009
Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biologia Molecular (Biologia)
Tesis i dissertacions electròniques
Cruz Montserrat, Francisco Javier de la,
supervisor acadèmic
Giralt i Oms, Marta,
supervisor acadèmic
TDX
La present tesi doctoral ha estat desenvolupada a la Unitat de Modelatge Molecular i Bioinformàtica del Parc Científic de Barcelona. Està ubicada en el context de la predicció i qualitat estructurals, i essencialment es divideix en dos blocs: i) Identificació de zones de bona qualitat en prediccions <i>de novo</i> i posterior ús d´aquestes per a la millora de la qualitat, i ii) estudi de parts funcionals de les proteïnes i efecte sobre aquestes de les mutacions puntuals i el modelat per homologia.<br/><br/>Més concretament, el primer bloc es pot dividir en tres parts, que confeccionarien el que es pot considerar com un protocol de refinat de prediccions <i>de novo</i>:<br/><br/>1. Identificació de la família estructural d´un conjunt de prediccions de novo emprant xarxes neuronals i mètodes de comparació estructural (Capítol 3).<br/><br/>2. Comparació de les prediccions de novo amb proteïnes homòlogues, i posterior extracció de les parts de millor qualitat (Capítol 4).<br/><br/>3. Ús d´aquestes parts de millor qualitat per refinar les prediccions inicials, emprant mètodes de modelat per homologia estàndards (Capítol 5).<br/><br/>Pel que fa al segon bloc, tal i com s´ha comentat, es centra en l´anàlisi d´elements funcionals de les proteïnes; més concretament es centra en l´estudi de les cavitats, ja que solen estar vinculades a centres actius, centres d´unió a altres proteïnes, centres de regulació, etc. S´han abordat dos punts:<br/><br/>1. Alteració de les cavitats del lisozim a nivell geomètric i composicional per efecte de mutacions puntuals (Capítol 6).<br/><br/>2. Conservació del patró de cavitats en els models per homologia, a mesura que la qualitat d´aquests disminueix (Capítol 7).
b
ES-BaCBU
cat
rda
ES-BaCBU
text
txt
rdacontent
informàtic
c
rdamedia
recurs en línia
cr
rdacarrier