2024-03-28T12:50:49Zhttps://www.tdx.cat/oai/requestoai:www.tdx.cat:10803/3840082024-03-15T10:57:17Zcom_10803_236col_10803_690278
2016-05-25T12:29:38Z
urn:hdl:10803/384008
Discovery of biological paths activating main regulators : Application on Salmonella infection and drug-drug interacions
Poglayen, Daniel
daniel.poglayen@gmail.com
true
Oliva Miguel, Baldomero
true
Signalling pathways
Systems biology
Main regulators
Genetic interactions
Microarrays
Interacció entre proteïnes
Intracció entre fàrmacs
Infecció per Salmonel·la
Xarxes
Bioinformàtica
Cellular behaviour is regulated by a very precise system in which the complex interplay between various types of biomolecules plays a crucial role for the proper functioning of the system itself. Proteins interacting with DNA are in charged of its replication, packaging repair and recombination, among them, transcription factors regulate gene expression, but in turn they are part of a larger network of proteins interactions.
In this thesis I addressed these aspects, in relation to a certain phenotype, in first instance by identifying common regulators of genes with similar expression signatures derived from high-throughput experiments, and then by computationally modelling the signal transduction by means of a message-passing algorithm. This allowed the identification of main regulators in the specific systems describing the infection process of Salmonella spp. in two different hosts: Arabidopsis thaliana and Homo sapiens. The same approach showed encouraging results in the pharmaco-dynamic study of drug-drug interactions.
El comportament cel•lular és regulat per un complex conjunt de relacions entre diferents tipus de biomol•lècules, que juga un paper fonamental per al correcte funcionament del propi sistema cel•lular. Diferents proteïnes s’encarreguen de la replicació, empaquetament, reparació i recombinació de l’ADN, i en regulen la seva expressió per mitjà de factors de transcripció. Aquests modulen la seva activitat mitjançant interaccions amb d’altres proteïnes, formant part d’una xarxa d’interaccions molt més extensa.
En aquesta tesi m’interesso per aquests aspectes en relació a certs fenotips. Primer, identificant reguladors comuns de gens amb patrons d’expressió similars, obtinguts d’experiments d’alt rendiment; després, usant d’algorismes de transmissió del missatge per al modelat computacional de la transducció del senyal. Així he identificat reguladors principals en el procés d’infecció de Salmonella spp. en Arabidopsis thaliana i Homo sapiens. Una aproximació idèntica aporta resultats esperançadors en l’estudi de la farmacodinàmica de les interaccions entre drogues.
2016-05-25T12:29:38Z
2016-05-25T12:29:38Z
2016-01-28
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://hdl.handle.net/10803/384008
eng
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
info:eu-repo/semantics/openAccess
Universitat Pompeu Fabra
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)