Sovint, la sistemàtica, basada principalment en caràcters morfològics, no es correspon amb els processos evolutius relacionats amb l'aparició dels grups d'organismes. En l'actualitat, la utilització de les dades moleculars es fa indispensable per a una revisió i millora de la classificació biològica de diversos organismes, com els peixos Acanthopterygii. A la sèrie Mugilomorpha la incongruència entre la taxonomia i la filogènia sorgeix de l'elevada semblança morfològica trobada per part dels seus membres. Pel que fa referència a la sèrie Atherinomorpha, la problemàtica principal resideix en determinar la seva proximitat evolutiva respecte a la sèrie anterior i en establir les relacions filogenètiques dins de la mateixa. Per tant, s'hi ha volgut estimar tant la divergència genètica dins de cada sèrie com inferir les relacions filogenètiques entre ambdues mitjançant la seqüenciació directa del DNA de les regions mitocondrials corresponents al tRNA-Phe, 12S rRNA, COI, cytb, tRNA-Thr, tRNA-Pro i regió control.

Often, systematics, based mainly on morphologic characters, does not correspond with the evolutionary processes related to the emergence of the groups of organisms. Nowadays, the utilization of molecular data turns indispensable to a revise and improve the biological classification of several organisms, such as Acanthopterygii fishes. In series Mugilomorpha, the incongruence between taxonomy and phylogeny arises from the high morphological similarity found between its members. Concerning series Atherinomorpha, the main problem lies in determining its evolutionary proximity in relation to series Mugilimorpha and in establishing the phylogenetical relationships inside itself. Therefore, both genetic divergence within each series and phylogenetical relationships between them have been wanted to estimate. For this reason, the direct sequencing of the mitochondrial regions corresponding to tRNA-Phe, 12S rRNA, COI, cytb, tRNA-Thr, tRNA-Pro and control region was achieved.