Biochemoinformatics: integrative computational tools at the interface between chemistry and biology

Author

García Serna, Ricard

Director

Mestres i López, Jordi

Date of defense

2010-09-27

ISBN

978-84-694-2118-5

Legal Deposit

B.7626-2011



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

The work on this thesis has focused on the development of integrated databases and visualization tools for three related areas of biomedical sciences involved in the drug discovery process. An annotated chemical library including drugs and other bioactive compounds with reported affinities over protein targets has been extended and optimized for its use in different knowledge based analysis and virtual profiling methodologies. A second database relating drugs with their side effects has also been developed in preparation for future studies. At the same time, two web based visualization architectures have been designed and implemented as tools for the analysis of relevant data.


Aquesta tesi ha comprès el desenvolupament de bases de dades i eines de visualització relacionades amb tres àrees de la biomedicina implicades en el procés de disseny de fàrmacs. S'ha estès i optimitzat una llibreria química que inclou fàrmacs i altres compostos bioactius anotats a proteïnes diana pel seu ús en diferents anàlisis i metodologies de perfilat virtual. També s'ha desenvolupat una segona base de dades relacionant fàrmacs comercialitzats amb els seus efectes adversos com a base per a futurs estudis. A l'hora han estat dissenyades i implementades dues eines web de visualització d'informació rellevant en aquest camp.

Keywords

toxicogenòmica; proteòmica; farmacologia; medicaments disseny; quimioinformàtica; quimiogenòmica; toxicogenomics; proteomics; pharmacology; drug design; Chemoinformatics; Chemogenomics

Subjects

573 - General and theoretical biology

Documents

trgs.pdf

2.921Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)